La saison 5 est celle qui doit clore l’arc principal de la série, c’est-à-dire la quête du Shanshu, celle d’Angel qui souhaite retrouver son humanité en combattant le mal et expurgeant ses fautes. Seulement rien ne se passe comme prévu, alors qu’il était l’unique vampire avec une âme, Spike, son rival de toujours, est parti en quête de la sienne pour gagner le cœur de Buffy.
Mort héroïquement à la fin de la série de la chasseuse, son fantôme apparaît à Los Angeles, où Angel, nouvellement installé dans les bureaux de Wolfram & Hart a décacheté une enveloppe contenant un talisman. Si Spike erre sans but pendant quelques épisodes, il est vite mis sur la piste de la prophétie du Shanshu par des ennemis d’Angel et devient un concurrent à part entière.
Le cadre de la saison est surtout les changements apportés par le déménagement d’Angel Investigations et la prise de pouvoir à Wolfram & Hart, soulevant beaucoup de questions. Le vampirisme d’Angel est relégué à un détail de l’histoire puisque les nouvelles technologies utilisées par l’entreprise améliorent généreusement son cadre de vie (les vitres sont traitées et laissent filtrer les rayons du soleil sans leurs UV par exemple).
Les personnages sont donc plus ou moins remis à zéro et doivent entamer chacun de leur côté une quête d’identité. Un thème sous-jacent très présent également est celui de l’héritage et de la transmission, le père de Wesley intervient, ainsi que les parents de Fred et ceux d’adoption de Connor, l’incompréhension intergénérationnelle règne et ne semble pas pouvoir être rétablie, laissant une impression de solitude extrême qui ne peut être guérie que par la recréation d’une autre forme de cellule, en l’occurrence celle d’Angel investigations.
Un jeu mélangeant les vivants et les morts s’établit : Cordélia sort de son coma pour mieux mourir de ses blessures, Lindsay vole l’identité de Doyle, Spike se retrouve sans corps matériel pendant les premiers épisodes… Les barrières tombent. Les personnages assument enfin leurs sentiments Fred/Wesley, Angel/Cordélia.
Quelques one-shot saupoudrent la saison de fantaisie : Harm’s way (le #9, Harmony ne compte pas pour du beurre, en V.F) nous entraîne dans le quotidien d’Harmony, The cautionnary tale of numero cinco (le #6, Cœur de héros, en V.F) dans le monde du catch mexicain, et surtout, Smile Time (#14, Les Marionnettes maléfiques, en V.F) voit Angel se transformer en marionnette.
Le final de la saison se resserre sur quelques épisodes riches en rebondissements où l’équipe affronte le cercle de l’épine noire (les représentants sur Terre des Associés Principaux du cabinet, le cercle st composé de l’Archiduc Sebassis, Izzerial the Devil, Cyvus Vail, la sénatrice Helen Brucker, Potentate Ed of the Fell Brethren, le leader du clan Sahrvin et Angel lui-même lors de son infiltration).
Lors de cette bataille finale contre ses ennemis de toujours, Angel sait qu’il va perdre des amis au sens propre comme figuré, et, en effet, Fred, trahie par un de ses collaborateurs, sera possédée par le démon Illyria qui la chassera de son corps, causant sa mort, Cordélia succombe à son coma, Wesley & Lindsay meurent lors de l’affrontement final tandis que Gunn est mortellement blessé, Lorne, quant à lui, part. Ne survivent que les personnages ancestraux, Angel, Spike, Illyria, tous dotés de pouvoirs surnaturels, laissant entrevoir un avenir pessimiste concernant l’humanité de Los Angeles.
Lors du dernier épisode de la série, Angel, véritable leader, déploie un plan tactique des plus ingénieux en donnant l’ordre à chacun d’éliminer un des membres du cercle. On comprend assez vite que la série ne finira pas sur l’aboutissement de la quête du Shanshu lorsque l’on réalise que le vampire a ordonné à Lorne d’éliminer Lindsay, un humain, parce que selon lui « il ne faisait pas partie de la solution ». Au contraire, la route est longue encore, et beaucoup de ses alliés sont morts dans la bataille. Le dernier plan montre les rescapés prêts à affronter une armée de démons lâchés sur eux en représailles, laissant présager une apocalypse.